Verdwerging:
De Maltezer is sowieso een klein ras, maar er zijn fokkers die ze nog kleiner willen kweken. Hierdoor ontstaan verdwergde Maltezers, die behalve een nog kleiner formaat, vaak ook een aantal lichamelijke afwijkingen hebben. Ze kunnen dergelijke hondjes last hebben van een waterhoofd, waardoor er hersenafwijkingen kunnen ontstaan. Vaak ook zijn bij deze dwerghondjes de fontanellen (de schedelopeningen) nog open waardoor delen van de hersenen niet beschermd worden door de schedel.
Overmatig tranen:
De Maltezer heeft ook in zijn gezicht vrij lang haar. En ook al zijn er geen erfelijke afwijkingen als entropion en ectropion bij de Maltezer gekend, toch kan de hond tranen, wat resulteert in rood-bruine traanstrepen. Een oorzaak kan zijn dat er tijdens het wandelen haartjes in de ogen terecht komen. Een andere mogelijke oorzaak is dat de ogen aan de grote kant zijn, waardoor de traanbuisjes het traanvocht niet goed kunnen verwerken. Door het overmatig tranen krijgt de hond rood-bruine traansporen die u regelmatig moet schoonmaken met doortoe speciaal geschikte middelen.
Legg perthes of de ziekte van Calvé:
Dit is een aandoening van de heup. Deze ziekte komt vooral voor bij kleine rassen. De klachten: een warm en pijnlijk heupgewricht, treden meestal op tussen de vijfde en de achtste maand en gaan gepaard met veel pijn. Een operatie biedt meestal de beste uitkomst.
Patella Luxatie:
Dit is een erfelijke afwijking aan het kniegewricht waarbij de knieschijf niet midden op het uiteinde van het scheenbeen ligt. De knieschijf belandt aldus naast het gewricht. Vaak uit dit zich doordat de hond enkele huppelpasjes neemt waarna de knieschijf weer terug op zijn plaats schiet. Dit gaat vanzelfsprekend gepaard met pijn. In veel gevallen kunnen medicijnen (pijnbestrijding) of een operatie uitkomst bieden.