De Shiba Inu zoals we ze nu kennen stamt voort uit de drie overblijvende lijnen San'in, Mino, en Shinshu aangezien het ras na de Wereldoorlogen bijna uitgestorven was.
De San'in-lijn, met als voorlopers de Sekishu-lijn en Imba-lijn, bestaat uit Shiba's die variëren tussen 40-50 cm en hebben gezorgd voor de black & tan-kleur die nu in het ras voorkomt.
De Shinshu-lijn, die afstamt van de Kimawa-lijn, stond gekend voor hun dikke ondervacht. Deze Shiba's bezaten echter in mindere mate de typische driehoekige ogen en oren, waardoor er met hen niet evenveel gefokt werd als met de Mino Shiba's. Daarnaast staan de Shinshu Shiba's bekend om hun rondere ogen en zwarte masker (hetgeen volgens de rasstandaard niet aanwezig zou moeten zijn: normaal verdwijnt dit masker na de pubertijd).
Tako uit de (denk ik) Shinshu-lijn, hij is met zekerheid de eerste door de Nippon (rasvereniging) ingeschreven-Shiba (sesam met sikkelvormige staart):

De Mino-lijn is de meest prominente: het heeft niet alleen voor de vurig rode kleur gezorgd, maar ook voor het kleinere gestalte van de huidige Shiba. De honden uit deze lijn bezaten een sikkelvormige staart, welke nu nog, al is het in mindere mate, bij een deel van de Shiba's aanwezig is.
Jukkoku uit de Mino-lijn, een van de eerste door de Nippon (rasvereniging) ingeschreven- Shiba's (rood met sikkelvormige staart):

Met andere woorden: aan het uiterlijk van de Shiba hebben ze praktisch niet gesleuteld. Het ras is mooi verder geëvolueerd uit de oorspronkelijke 3 lijnen, zonder overbodige, menselijke aanpassingen.